روش تحقیق مناسب و مطلوب مهم‌ترین عامل هدایت انسان‌ها به ادراک و کشف عالم وجود، حقایق عالم و آدم، ارتباط آن‌ها و زمینه‌ساز سیر و صیرورت متعالی انسان‌ها و ضامن سعادت و جاودانگی آن‌هاست. متأسفانه در قرون اخیر، فرهنگ غربی با جدایی از مکاتب الهی و رویکرد صرفاً مادی به عالم و آدم و حیوان‌پنداری انسان‌ها، روش تحقیق جزءنگر، یعنی حسی، تجربی، غریزی و آماری را در مراکز آموزشی و پژوهشی جهان حاکم نموده است. این روش در شناخت علل مادی و صوری پدیده‌ها در عالم طبیعت موفق است. به همین دلیل نیز توفیق انقلاب صنعتی و تولید قدرت و ثروت را برای کشورهای غربی به‌قیمت غارت و استعمار و برده‌داری سایر کشورها ایجاد نمود، البته با گسترش ازخودبیگانگی و مسخ مردم جهان و ایجاد بحران محیط زیست، تضاد طبقاتی غنی و فقیر، افسردگی، یأس و افزایش خودکشی و غیره. در نقطۀ مقابل، خداوند متعال با ارسال همۀ پیامبران الهی به امتیاز خاص عقلانی و روحانی انسان‌ها نسبت به حیوانات تأکید و با ارائۀ منابع و مبانی خطاناپذیر، یعنی قرآن و سنت معصومین، روشی را در تحقیق ارائه نموده‌اند که به‌خصوص متضمن تبیین سیر و صیرورت متعالی و جاودانۀ انسان‌ها و حیات طیبۀ آن‌هاست و به آن روش تحقیق کل‌نگر و همه‌جانبه‌نگر اسلامی می‌گوییم. در این مقاله ضمن ارزیابی و مقایسه و تبیین جایگاه دو روش فوق، از طریق روش‌های استدلال منطقی و تفسیری مبتنی بر منابع خطاناپذیر اسلامی، یعنی قرآن و احادیث معتبر، مبانی خودمان را اثبات می‌نماییم. اصلاح دروس روش تحقیق در دانشگاه‌ها از مقدمات اصلی و ضروری برای اسلامی کردن دانشگاه‌ها و تحقق راهبرد مقام معظم رهبری در ایجاد تمدن نوین اسلامی با هویت اسلامی-ایرانی و پرهیز از رویکرد ترجمه و تقلید از فرهنگ ناقص، منحرف، ضدانسانی و ضدتکاملی غربی است.
